RCHOP Signature

Modèle multivarié en bulk avec aggregateBioVar

## SingleCellExperiment counts from assay: counts

Dimension de la matrice de comptage : 16382 gènes exprimés x 18 souris.

EdgeR

Processing

Clustering

PCA

Liste des gènes différentiellement exprimés

  • Nombre de DEGs : 31 (FDR > 0.05 & logFC > 1.2)
  • Nombre de gènes up-régulés dans les KO : 24
  • Nombre de gènes down-régulés dans les KO : 7
  • logFC positif = up-régulé dans les KO / down régulé dans les WT
  • logFC négatif = up-régulé dans les WT / down régulé dans les KO

Top20 des genes les plus différentiellement exprimés

Volcano plot : FDRvsFC & FCvsCPM

Heatmap : Tous les DEGs

Heatmap : Top DEGs

DESeq2

Processing

sc.DESeq <- DESeq2(counts, metadata, 0.25)
## converting counts to integer mode
## Warning in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank): some variables in
## design formula are characters, converting to factors
## estimating size factors
## estimating dispersions
## gene-wise dispersion estimates
## mean-dispersion relationship
## final dispersion estimates
## fitting model and testing
signature.DESeq2 <- sc.DESeq[['result']]$table

Clustering

rld <- DESeq2::rlog(sc.DESeq[['y']], blind = T) # Log2 Transformation & Normalisation
rld.matrix <- SummarizedExperiment::assay(rld) ; rld.cor <- cor(rld.matrix, method = "pearson")
pheatmap(rld.cor,main = "Clustering using rlog(read counts). \nDistance: Pearson correlation.",border_color=NA, fontsize = 10, fontsize_row = 10, height=20)

PCA

plotPCA(rld, intgroup = "Condition") + theme_bw() + ggtitle("Rlog transformed counts")

plotPCA(rld, intgroup = "Sample") + theme_bw() + ggtitle("Rlog transformed counts")

Liste des gènes différentiellement exprimés

Top20 des genes les plus différentiellement exprimés

Volcano plot : FDRvsFC & FCvsCPM

Volcano_plot(sc.DESeq, FC = 0.25, xscale=1, yscale=12, seuil=0.25)
## Warning: Removed 347 rows containing missing values (geom_point).
## Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_label_repel).
## Warning: ggrepel: 16 unlabeled data points (too many overlaps). Consider
## increasing max.overlaps

Heatmap : Tous les DEGs

Heatmap : Top DEGs

Reduce(intersect, list(rownames(signature.DESeq2),signature.EdgeR))
##  [1] "AEN"     "FDXR"    "PHPT1"   "BAX"     "MDM2"    "TRIAP1"  "BBC3"   
##  [8] "CCNG1"   "DDB2"    "TNFSF8"  "GADD45A" "CDKN1A"  "PHLDA3"  "ZMAT3"  
## [15] "CD70"