RCHOP Signature
Modèle multivarié en bulk avec aggregateBioVar
## SingleCellExperiment counts from assay: counts
Dimension de la matrice de comptage : 16382 gènes exprimés x 18 souris.
EdgeR
Processing
Clustering
PCA
Liste des gènes différentiellement exprimés
- Nombre de DEGs : 31 (FDR > 0.05 & logFC > 1.2)
- Nombre de gènes up-régulés dans les KO : 24
- Nombre de gènes down-régulés dans les KO : 7
- logFC positif = up-régulé dans les KO / down régulé dans les WT
- logFC négatif = up-régulé dans les WT / down régulé dans les KO
Top20 des genes les plus différentiellement exprimés
Volcano plot : FDRvsFC & FCvsCPM
Heatmap : Tous les DEGs
Heatmap : Top DEGs
DESeq2
Processing
sc.DESeq <- DESeq2(counts, metadata, 0.25)## converting counts to integer mode
## Warning in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank): some variables in
## design formula are characters, converting to factors
## estimating size factors
## estimating dispersions
## gene-wise dispersion estimates
## mean-dispersion relationship
## final dispersion estimates
## fitting model and testing
signature.DESeq2 <- sc.DESeq[['result']]$tableClustering
rld <- DESeq2::rlog(sc.DESeq[['y']], blind = T) # Log2 Transformation & Normalisation
rld.matrix <- SummarizedExperiment::assay(rld) ; rld.cor <- cor(rld.matrix, method = "pearson")
pheatmap(rld.cor,main = "Clustering using rlog(read counts). \nDistance: Pearson correlation.",border_color=NA, fontsize = 10, fontsize_row = 10, height=20)PCA
plotPCA(rld, intgroup = "Condition") + theme_bw() + ggtitle("Rlog transformed counts")plotPCA(rld, intgroup = "Sample") + theme_bw() + ggtitle("Rlog transformed counts")Liste des gènes différentiellement exprimés
Top20 des genes les plus différentiellement exprimés
Volcano plot : FDRvsFC & FCvsCPM
Volcano_plot(sc.DESeq, FC = 0.25, xscale=1, yscale=12, seuil=0.25)## Warning: Removed 347 rows containing missing values (geom_point).
## Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_label_repel).
## Warning: ggrepel: 16 unlabeled data points (too many overlaps). Consider
## increasing max.overlaps
Heatmap : Tous les DEGs
Heatmap : Top DEGs
Reduce(intersect, list(rownames(signature.DESeq2),signature.EdgeR))## [1] "AEN" "FDXR" "PHPT1" "BAX" "MDM2" "TRIAP1" "BBC3"
## [8] "CCNG1" "DDB2" "TNFSF8" "GADD45A" "CDKN1A" "PHLDA3" "ZMAT3"
## [15] "CD70"